Сквидварда раздражает то, как Губка Боб и Патрик весело проводят время, пэтому он решает поссорить их.

Однако, после ссоры, Губка Боб и Патрик пытаются дружить со Сквидвардом, которому это совсем не нравится.

Губка Боб впервые знакомится с Планктоном, главным врагом мистера Крабса, который хочет украсть Секретный рецепт крабсбургеров.

Для этого он начинает управлять разумом Губки Боба.

Когда Губка Боб и Патрик обнаруживают, что Сквидвард пострадал после аварии, они берут его на ловлю медуз и уверенно пытаются сделать его первый день возвращения из госпитали лучшим днём в его жизни, но как и всегда у них выходит всё наоборот.

Во время занятий тяжёлой атлетикой, Губка Боб случайно рвёт свои штаны, что вызывает у всех смех.

Он начинает повторять эту шутку снова и снова, пока она всем не надоела.

Шреддер передает черепахам сообщение, в котором показывает ретромутагенное оружие, способное превратить Сплинтера обратно в человека.

Когда Сплинтер отправляется за пистолетом, Шреддер завершает создание нового тела Крэнга и помещает его в него.

После того, как черепахи приходят на помощь Сплинтеру, им приходится иметь дело с Крэнгом и его новым телом.

После того, как черепахи побеждают Крэнга, а Сплинтер уничтожает ретромутагенную пушку, чтобы спасти черепах, Шреддер и Крэнг снова пытаются открыть портал.

Донателло меняет полярность, в результате чего весь Технодром оказывается втянут в Измерение X.

Шреддер впервые открывает портал в Измерение X.

Из него появляются три подростка, известные как Нейтрино, и два каменных воина Крэнга.

Черепашки подружились с подростками, но вскоре два каменных воина устанавливают специальное устройство для создания погоды, которое создает проблемы.

Шреддер нанимает ученого Бакстера Стокмана, потому что его изобретение - роботы-крысоловы по имени Маузеры - может помочь ему найти Сплинтера.

После первоначальной атаки Маузеров Черепашки и Сплинтер прячутся в квартире Эйприл.