Лидер клана Фут Ороку Саки, Шреддер решает вместе со своим напарником Крэнгом из Измерения X превратить двух бандитов в приспешников-мутантов с помощью мутагена, который создал Сплинтера и Черепашек-ниндзя.
Так Бибоп превращается в бородавочника, а Рокстеди - в носорога.
Пешие солдаты похищают Сплинтера, и Черепашки отправляются спасать его на Технодром.
Репортер Эйприл О’Нил обнаруживает, что воры - ниндзя.
Когда на Эйприл нападает уличная банда, она убегает в канализацию, где четыре большие говорящие черепахи побеждают бандитов и забирают Эйприл в свое логово.
Там Эйприл встречает их наставника, крысу Сплинтера, который рассказывает ей свою биографию японского ниндзя Хамато Йоши.
Когда черепашки и Эйприл исследуют улицы на предмет происхождения воров, они обнаруживают группу роботов-ниндзя, в форме которых Сплинтер узнает клан Фут.
Прежде чем Эйприл успевает разоблачить их, ее похищает Шреддер.