Шреддер передает черепахам сообщение, в котором показывает ретромутагенное оружие, способное превратить Сплинтера обратно в человека.
Когда Сплинтер отправляется за пистолетом, Шреддер завершает создание нового тела Крэнга и помещает его в него.
После того, как черепахи приходят на помощь Сплинтеру, им приходится иметь дело с Крэнгом и его новым телом.
После того, как черепахи побеждают Крэнга, а Сплинтер уничтожает ретромутагенную пушку, чтобы спасти черепах, Шреддер и Крэнг снова пытаются открыть портал.
Донателло меняет полярность, в результате чего весь Технодром оказывается втянут в Измерение X.
Лидер клана Фут Ороку Саки, Шреддер решает вместе со своим напарником Крэнгом из Измерения X превратить двух бандитов в приспешников-мутантов с помощью мутагена, который создал Сплинтера и Черепашек-ниндзя.
Так Бибоп превращается в бородавочника, а Рокстеди - в носорога.
Пешие солдаты похищают Сплинтера, и Черепашки отправляются спасать его на Технодром.
Репортер Эйприл О’Нил обнаруживает, что воры - ниндзя.
Когда на Эйприл нападает уличная банда, она убегает в канализацию, где четыре большие говорящие черепахи побеждают бандитов и забирают Эйприл в свое логово.
Там Эйприл встречает их наставника, крысу Сплинтера, который рассказывает ей свою биографию японского ниндзя Хамато Йоши.
Когда черепашки и Эйприл исследуют улицы на предмет происхождения воров, они обнаруживают группу роботов-ниндзя, в форме которых Сплинтер узнает клан Фут.
Прежде чем Эйприл успевает разоблачить их, ее похищает Шреддер.