План Крэнга и Шреддера вымыть Черепашек из канализации приводит к тому, что город затоплен водой (и существами!) из Атлантического океана.

Крэнг нанимает опытного и прекрасного воина-ниндзя, чтобы тот победил Черепашек.

Шреддер заменен, Леонардо встретил свою пару.

Наших старых друзей, лягушек-панков, терроризирует аллигатор-мутант в Эверглейдс Флориды.

Кожеголовый объединяется со Шреддером, чтобы сразиться с лягушатниками и Черепахами.

Покончив с некомпетентностью Бибопа и Рокстеди, Шреддер и Крэнг используют свои технологии для создания их роботов, более сильных и умных, чтобы занять Черепашек, пока они устанавливают на вершине вещательной башни здания 6-го канала поврежденный Месмеризатор, контролирующий сознание.

Сплинтер страдает амнезией, а Черепашки пытаются напомнить ему, что он - настоящий лидер клана Фут.

Робот-воин, известный как Мобильный Бронированный Компьютеризированный Боец (М.А.К.С.), прибывает из 400 лет будущего в Нью-Йорк 20-го века.

Он подружился с Черепашками, но Шреддер и Крэнг хотят привлечь его на свою сторону любыми средствами.

Ирма похищена Бибопом и Рокстеди и заменена роботом, похожим на нее, который запрограммирован на уничтожение черепах.

Однако, похоже, все идет не так, как надо: при произнесении слова “черепаха” он мгновенно “снимает” лазером все, что вызвало это слово.

Тем временем черепашки пытаются спасти Ирму из лап Шреддера.