Покончив с некомпетентностью Бибопа и Рокстеди, Шреддер и Крэнг используют свои технологии для создания их роботов, более сильных и умных, чтобы занять Черепашек, пока они устанавливают на вершине вещательной башни здания 6-го канала поврежденный Месмеризатор, контролирующий сознание.

Наших старых друзей, лягушек-панков, терроризирует аллигатор-мутант в Эверглейдс Флориды.

Кожеголовый объединяется со Шреддером, чтобы сразиться с лягушатниками и Черепахами.

Крэнг нанимает опытного и прекрасного воина-ниндзя, чтобы тот победил Черепашек.

Шреддер заменен, Леонардо встретил свою пару.

План Крэнга и Шреддера вымыть Черепашек из канализации приводит к тому, что город затоплен водой (и существами!) из Атлантического океана.

В разгар летней жары кто-то уничтожает все кондиционеры и забирает весь городской фреон.

Тем временем Вернон и Берн отправляются на поиски Черепах, но находят кое-что другое.

Став свидетелями того, как живой динозавр бродит по городу и внезапно исчезает, Черепашки идут по его следам в большую дыру, где их ждет шокирующее открытие: пещеру, где до сих пор бродят динозавры.

Тем временем Шреддер и его головорезы-мутанты Бибоп и Рокстеди также находятся там, но для того, чтобы забрать кристалл, необходимый Крэнгу для подзарядки энергетических элементов Технодрома.

Черепашки обнаруживают, что кристалл является источником всех форм жизни в пещере, и должны вернуть его, прежде чем все они будут уничтожены.

Таинственный человек, обитающий в канализации, обладает неестественной способностью подчинять себе крыс.

Сможет ли Сплинтер противостоять ему или уничтожит Черепах по приказу Крысиного Короля?