Обеспокоенный тем, что Шреддер скоро победит, Леонардо берет отпуск, сомневаясь в своем лидерстве.

Тем временем Крэнг и Шреддер выкачивают солнечную энергию из Солнца с двойной целью - запитать Технодром и ввергнуть Землю в очередной Ледниковый период.

Без Леонардо три другие черепахи пытаются помешать Шреддеру, по очереди сменяя друг друга в роли лидера, но каждый из них понимает, что должен преодолеть свои собственные недостатки, например, Рафаэль придерживается принятого решения, Микеланджело становится более серьезным, а Донателло необходимо анализировать даже самые очевидные факты.

Шреддер и Крэнг создают любовное зелье, которое заставляет Леонардо, Микеланджело и Рафаэля влюбиться в Ирму.

Донателло бросается на поиски противоядия, пока Шреддер не выкачал всю энергию из атомной подводной лодки, а Рокстеди, приняв дозу зелья, влюбляется в Эйприл.

Шреддер завладевает древним мечом ниндзя, сделанным из инопланетного металла, который позволяет ему “рассекать” измерения.

Посещение Земли полярисоидом приводит к хаосу, когда Шреддер (а позже Эйприл О’Нил) завладевает камерой пришельца, ведь она умеет не только делать снимки.

13-летний мальчик изо всех сил пытается помочь Черепахам, но результаты оказываются не самыми лучшими.

В конце концов, он оказывается полезным для команды Черепах.

Бандиты похищают весь антиквариат в городе.

И когда они похищают большинство наших героев, Донателло и Эйприл должны выяснить, почему.

Может ли за этим стоять Шреддер?

Ирма случайно становится гигантской, и ее неуклюжая натура делает ее опасной для города.

Черепашки и Эйприл О’Нил прячут ее и ищут лекарство.