Даже случай черепашьей оспы не может остановить наших героев от попытки уничтожить Шреддера и Крэнга после того, как они выпускают Металлхеда, боевую машину-робота, запрограммированную на поиск и поимку Черепах.
Бакстер Стокман возвращается, чтобы отомстить Черепахам и Шреддеру, а наши герои пытаются остановить план Шреддера по выкачиванию воды из подземного резервуара.