Пока Сплинтер отправляется в отступление, черепашки должны попытаться остановить возвращение Технодрома на Землю.

В результате несчастного случая с телепортатором Эйприл превращается в женщину-кошку.

Ирма встречается с Черепашками-ниндзя, чтобы спасти их.

Нейтрино возвращаются на Землю, узнав о плане Крэнга и Шреддера избавиться от черепах с помощью высасывания мозгов.

Шреддер заинтересовался способностью их Стармабиля открывать порталы в измерения и пытается заполучить его в свои руки, а черепашки тем временем пытаются снова запустить основной источник энергии Стармабиля.

Робот-полицейский Рекс-1 помогает Эйприл и Черепашкам победить злую армию роботов-полицейских под контролем Шреддера.

Донателло придумывает лекарство, чтобы сделать Мастера Сплинтера снова человеком.

Тем временем Шреддер планирует открыть врата в Измерение X.

У Шреддера заканчивается мутаген, поэтому Крэнг посылает канистру, которая из-за трансмерных проблем оказывается в Эверглейдс.

Шреддер видит, что канистра с мутагеном разбилась, но создал четырех лягушек-мутантов, с которыми подружился и заставил их совершать грабежи, а также ненавидеть Черепашек.

Донателло понимает, что Шреддер заказывает ограбления химикатов, чтобы массово производить мутаген.

Черепашки должны не только противостоять заблуждающимся лягушатникам, но их работа усложняется тем, что в полиции Нью-Йорка теперь есть античерепашья оперативная группа.

Устав от постоянных неудач Бакстера Стокмана, Шреддер отправляет его в Измерение X в обмен на то, что он вернет Бибопа и Рокстеди на Землю в качестве своих приспешников.

Когда Крэнг, не найдя больше применения Бакстеру, пытается дезинтегрировать его, в результате сбоя Бакстер мутирует в муху.