Донателло придумывает лекарство, чтобы сделать Мастера Сплинтера снова человеком.

Тем временем Шреддер планирует открыть врата в Измерение X.

У Шреддера заканчивается мутаген, поэтому Крэнг посылает канистру, которая из-за трансмерных проблем оказывается в Эверглейдс.

Шреддер видит, что канистра с мутагеном разбилась, но создал четырех лягушек-мутантов, с которыми подружился и заставил их совершать грабежи, а также ненавидеть Черепашек.

Донателло понимает, что Шреддер заказывает ограбления химикатов, чтобы массово производить мутаген.

Черепашки должны не только противостоять заблуждающимся лягушатникам, но их работа усложняется тем, что в полиции Нью-Йорка теперь есть античерепашья оперативная группа.

Устав от постоянных неудач Бакстера Стокмана, Шреддер отправляет его в Измерение X в обмен на то, что он вернет Бибопа и Рокстеди на Землю в качестве своих приспешников.

Когда Крэнг, не найдя больше применения Бакстеру, пытается дезинтегрировать его, в результате сбоя Бакстер мутирует в муху.

Крэнг посылает яйца ксеноморфов, похожих на фрикадельки, чтобы убить Черепашек.

Затем Бакстер Стокман подстраивает соревнование, чтобы он и Шреддер могли доставить Черепахам смертоносную пиццу.

Однако из-за большого количества желающих Черепашки в итоге получают обычные пиццы, а пиццы-ловушки оказываются где-то в Нью-Йорке!

Возможно, Шреддер и Бакстер стали жертвами собственных заговоров, когда монстры-пиццы не делают различий между союзником и врагом.

Шреддер достраивает глаз Сарнота, прикрепляет его к своему шлему и планирует обрушить его мощь на весь мир.

Однако, когда Черепашки вмешиваются, шлем попадает в другие руки.

Найдя второй фрагмент Ока Сарнота, Шреддер использует его как источник энергии для суперкомпьютера по имени Омнис в надежде открыть портал в Измерение X.

Тем временем Черепашки должны разобраться с машинами, которые внезапно выходят из строя по всему городу.

Обнаружив, что растение-мутант ускорило свой рост благодаря первому фрагменту Ока Сарнота, Шреддер выпускает его на город, чтобы напасть на Черепашек.

Тем временем Эйприл заманивает Шреддера в ловушку, и он тут же попадает в плен.

Однако Черепашки, переодевшись разносчиками пиццы, освобождают ее, хотя Шреддер снова сбегает с фрагментом, а Черепашки должны уничтожить растение-мутанта, которое сеет хаос в городе.