Крэнг посылает яйца ксеноморфов, похожих на фрикадельки, чтобы убить Черепашек.

Затем Бакстер Стокман подстраивает соревнование, чтобы он и Шреддер могли доставить Черепахам смертоносную пиццу.

Однако из-за большого количества желающих Черепашки в итоге получают обычные пиццы, а пиццы-ловушки оказываются где-то в Нью-Йорке!

Возможно, Шреддер и Бакстер стали жертвами собственных заговоров, когда монстры-пиццы не делают различий между союзником и врагом.

Шреддер достраивает глаз Сарнота, прикрепляет его к своему шлему и планирует обрушить его мощь на весь мир.

Однако, когда Черепашки вмешиваются, шлем попадает в другие руки.

Найдя второй фрагмент Ока Сарнота, Шреддер использует его как источник энергии для суперкомпьютера по имени Омнис в надежде открыть портал в Измерение X.

Тем временем Черепашки должны разобраться с машинами, которые внезапно выходят из строя по всему городу.

Обнаружив, что растение-мутант ускорило свой рост благодаря первому фрагменту Ока Сарнота, Шреддер выпускает его на город, чтобы напасть на Черепашек.

Тем временем Эйприл заманивает Шреддера в ловушку, и он тут же попадает в плен.

Однако Черепашки, переодевшись разносчиками пиццы, освобождают ее, хотя Шреддер снова сбегает с фрагментом, а Черепашки должны уничтожить растение-мутанта, которое сеет хаос в городе.

Черепашки ищут осколки глаза Сарнота - кристалла, обладающего невообразимой силой.

Найдя первый фрагмент, Шреддер крадет его и использует для уменьшения черепах.

Шреддер также пытается убедить Крэнга, но Крэнг настаивает на том, что Шреддер поверит ему, только если он принесет черепашек на блюде для Крэнга.

Теперь в дело должны вмешаться Сплинтер и Эйприл О’Нил.

Эйприл удается увеличить Черепашек, но наши герои в итоге проигрывают, так как Шреддер сбегает с первым фрагментом.

Шреддер возвращается из Измерения Икс.

Однако Крэнг говорит, что пока Шреддер не докажет, что заслуживает доверия, поскольку не смог победить черепах и Сплинтера с помощью технологии Крэнга, ему не помогут его Пешие Солдаты или Рокстеди и Бибоп, которые все еще застряли в Измерении Икс.

Шреддер отправляется в коррумпированную, захудалую школу карате и учит учеников совершать преступления, переодеваясь в Черепах, чтобы дискредитировать настоящих Черепах.

Шреддер также освобождает из-под стражи Бакстера Стокмана и поручает ему похитить Сплинтера.