Черепашки ищут осколки глаза Сарнота - кристалла, обладающего невообразимой силой.

Найдя первый фрагмент, Шреддер крадет его и использует для уменьшения черепах.

Шреддер также пытается убедить Крэнга, но Крэнг настаивает на том, что Шреддер поверит ему, только если он принесет черепашек на блюде для Крэнга.

Теперь в дело должны вмешаться Сплинтер и Эйприл О’Нил.

Эйприл удается увеличить Черепашек, но наши герои в итоге проигрывают, так как Шреддер сбегает с первым фрагментом.

Шреддер возвращается из Измерения Икс.

Однако Крэнг говорит, что пока Шреддер не докажет, что заслуживает доверия, поскольку не смог победить черепах и Сплинтера с помощью технологии Крэнга, ему не помогут его Пешие Солдаты или Рокстеди и Бибоп, которые все еще застряли в Измерении Икс.

Шреддер отправляется в коррумпированную, захудалую школу карате и учит учеников совершать преступления, переодеваясь в Черепах, чтобы дискредитировать настоящих Черепах.

Шреддер также освобождает из-под стражи Бакстера Стокмана и поручает ему похитить Сплинтера.

Экстремальным охотникам за привидениями, при поддержке настоящих, предстоит самое трудное испытание в карьере - ловля огромного всепоглощающего (в прямом смысле) бесформенного чёрного призрака из Бермудского треугольника.