Потратив жизненную энергию Черепашек и интеллект Крэнга, Дрегг становится сверхсуществом и планирует запустить Вихревой транспортер в Солнце, чтобы доставить его часть на Землю.

Если жители Земли откажутся сдаться, Дрегг заставит Землю превратиться во второе Солнце, а затем сделает то же самое со всеми остальными планетами во Вселенной.

Узнав о ситуации, Картер возвращается и, понимая, что в одиночку ему не справиться, связывается с друзьями черепашек Лэндором и Мерриком, которые возвращают черепашек из прошлого в настоящее, а Сплинтер говорит ему, что, несмотря на то, что его мутация стабилизировалась, есть вероятность того, что Картер все еще может мутировать.

Узнав о прежних заклятых врагах Черепах - Шреддере и Крэнге, Лорд Дрегг телепортирует их из Измерения X на Дредноут в надежде объединить усилия и уничтожить Черепах раз и навсегда.

Тем временем, окончательно стабилизировав свою мутацию, Картер окончательно покидает Черепах и возвращается в колледж.

Пока Рафаэль, Микеланджело, Донателло и Картер работают над восстановлением Леонардо, Мунг похищает весь плутоний с электростанции, чтобы Дрегг мог создать плутониевый луч, превращающий Леонардо в радиоактивного убийцу.

Крэнг и Шреддер используют энергию города для работы нового транспространственного портала Крэнга в Измерение X, чтобы получить доступ к своим армиям и ресурсам.

Черепашки спасают жителя Измерения Икс по имени Гаргон, плененного Крэнгом на Земле, который соглашается помочь выследить Шреддера и Крэнга.

Крэнг и Шреддер крадут Астро-Вьювер, мощный телескоп, а затем выводят из строя звездолет, пролетающий над Землей.

Попав на борт истребителя, Шреддер крадет Огненную Звезду - кристаллический осколок, обладающий силой 1000 солнц и делающий своего владельца неуязвимым.

Он нужен Крэнгу, чтобы править Вселенной и объединить Землю с Измерением X.

Когда экипаж звездолета надевает кибернетическую броню, чтобы начать охоту за Огненной Звездой, Черепашки используют комплект брони для себя, чтобы остановить и экипаж, и Шреддера.

Титанус и его мутанты продолжают охотиться за трансформером Флюкс, отслеживая его уникальные электронные сигналы, чтобы найти его и вернуть.

Тем временем у Черепашек появляются новые силы, когда в их рядах появляется силовик по имени Кракус.

Черепашки должны выяснить, кто такой Кракус и кто он - друг или враг.

Титанус и его организация H.A.V.O.C. вернулись, и на этот раз они планируют построить Небесную платформу, чтобы забрать потерянный трансформер Флюкс с военной базы.

Титанус создает нового мутанта по имени Синапс - существо из чистой энергии, которое может управлять всем механическим.

Черепашки должны раз и навсегда остановить Титануса и его злые планы.