Агенты Кей и Джей расследуют посадку Чарнока на ферме.

Их единственная зацепка — кожа.

После того. Как Джибс и Фрэнк спорят в Ломбарде Джибса, настоящий Чарнок появляется в обличии толстого неповоротливого мужчины.

Джибс показывает ему устройство с консервированным вакуумом, которое является миниатюрной чёрной дырой, всасывающей всё в себя в радиусе трёх миль.

Он говорит ему, что оно не продаётся, но он не хочет слушать. Он угрожает активизировать ядро, но Джибс выбивает его из рук.

Фрэнк берёт устройство в рот, чтобы унести.

Но, из-за шока, он его случайно проглатывает!

Теперь Чарнок за ним охотится!

Смогут ли Кей и Джей спасти Фрэнка от того, чтобы он всосался в себя?

Кей и Джей расследуют крушение корабля инопланетян в лесу.

Вскоре они встречаются с Треблором, инопланетным полицейским из Зомбарийского Департамента Наказаний.

Треблор упоминает, что пилот рухнувшего корабля — опасный преступник по имени Зи-Рон.

Пока Джей отправляется на поимку Зи-Рона, Кей узнаёт, что Треблор не тот, кем он назвался.

В ходе миссии по остановке размножения Скраальдиан в канализации произошла схватка с одним из них.

Джей выстрелил из «дамского сверчка» в него, но перед смертью тот плюнул в Джея белой жижей.

Теперь он — желанная добыча. 

Лорд Дрегг, используя морфинг-костюм, способный мгновенно высасывать жизненную силу из других, поглощает силу пяти сверхсуществ и умножает их совокупную мощь в сотни раз, превращаясь в бога.

Он преследует Черепашек, которые, чтобы победить его, должны отправиться в Измерение X и забрать тело андроида Крэнга из разрушенного Технодрома.

Лорду Дреггу удалось открыть гигантский портал, достаточно большой, чтобы втянуть всю Землю в измерение X.

Пытаясь понять, как остановить его, Леонардо, Донателло и мастер Сплинтер попадают в портал, после того как Дрегг поворачивает портал на них, отправляя каждого из них через опасные инопланетные измерения.

Слизкий амебоподобный мафиози из Измерения X, известный как GlobFather, крадет Белковый компьютер.

GlobFather работает на Дрегга, и Дрегг планирует использовать Белковый компьютер для взлома всех телекоммуникационных систем и военных компьютеров Земли, чтобы управлять ими через свой мозг.

После того, как Черепахи из прошлого вновь обрели энергию, у них есть всего 3 часа, чтобы вернуться в свое время, иначе все они перестанут существовать.

Тем временем, за те 15 часов, которые потребовались Черепахам, оставшаяся часть флота вторжения Дрегга была завершена и развязана по всей планете, и теперь Черепахам и Картер предстоит остановить Дрегга, Крэнга и Шреддера.

В конце концов Шреддера и Крэнга отправляют обратно в Измерение X, а после отправки черепах в прошлое Лэндор и Меррик предлагают Картеру отправиться с ними в будущее, чтобы пройти курс лечения, который полностью излечит его от мутации.

Картер соглашается, и они с черепахами прощаются, после чего он телепортируется.