Открылся новый тематический парк развлечений с аттракционами “Сегун”, “Средневековье” и “Будущее”.

Черепашек приглашают опробовать аттракционы, но когда роботы в парке начинают играть слишком грубо, у Черепашек начинаются большие проблемы.

Черепашки обнаруживают город атлантов, но не в Древней Греции, а в наше время.

После встречи с Мердудом, который на самом деле является настоящим королем Атлантиды, Черепашки должны победить Шреддера и свергнуть Бибопа, которого подставили в качестве короля-марионетки.

Пока сенсей Сплинтера, Мого-сан, гостит в Нью-Йорке, преступная банда ниндзя, известная как Банда Черного Сердца, терроризирует город, совершая преступления, а внук Мого-сана, Йоку, является их лидером.

Черепашки и Сплинтер должны помешать Шреддеру и Банде Черного Сердца украсть секретные карты ядерных ракетных площадок. 

Двое заключенных из Измерения X попадают на Землю, когда портативный портальный генератор Донателло выходит из строя.

К сожалению, вместо них в тюрьму Измерения Икс попадают Вернон и Ирма.

Черепашки должны победить этих заключенных и каким-то образом спасти Ирму и Вернона.

Шреддер использует машину времени, чтобы перенестись в Древнюю Японию в 1583 год.

Он планирует победить Хамато Кодзи, человека, основавшего клан Фут, и великого предка Сплинтера, ведь если победить Хамато Кодзи, то Мастер Сплинтер никогда бы не родился, а Черепахи навсегда останутся обычными черепахами.

Маленькое инопланетное существо по имени Квиркс совершает аварийную посадку на Землю, а межгалактические штурмовики отправляются в погоню.

Черепашки должны придумать, как вернуть Квиркса на его родную планету, прежде чем Земля будет уничтожена.

После того как в схватке со Шреддером Донателло был поражен лазерным лучом, его личность меняется, и он превращается в костюмированного супергероя, известного как Темная Черепаха.

Его миссия: Найти и уничтожить Шреддера.

Тем временем на Землю вторгается динозавроподобная инопланетная раса Трицератонов.