Тетя Эйприл помогает Черепашкам остановить безумного ученого, создающего устройство Судного дня.

Альтератор личности Донателло превращает Рафаэля в слишком доброго, чтобы драться.

Безумный ученый использует его, чтобы превратить всех полицейских в добрых, чтобы его роботы могли красть деньги и драгоценности.

Микеланджело покупает попугая и называет его Дитто, хотя на самом деле птица принадлежит преступнику, который охотится за редким ключом на шее Дидо, потому что рубин Гулуби, драгоценный камень, который украл вор, находится в хранилище, которое может открыть только ключ.

Черепашки пытаются разгадать тайну пропавшей змеи, но Леонардо боится змей.

Ученый, который попал в лабораторию со змеиным ядом и превратился в змею, пытается превратить город в болото.

Леонардо теряется, и Рафаэль, Донателло и Микеланджело должны найти его, пока Сплинтер тренируется.

Тем временем, узнав об исчезновении Леонардо, Шреддер и Крэнг используют Голографическую Маскировочную Машину на Бибопе, чтобы сделать его похожим на пропавшую черепаху, и заставляют его устроить неприятности, чтобы испортить репутацию черепашек.

Когда инопланетный луч превращает его в супергения, Слэш возвращается на Землю, намереваясь превратить все население Нью-Йорка в таких же черепах-мутантов, как и он, оставив Донателло отбиваться от него.

Черепашки помогают человеку с изуродованным лицом (которое на самом деле было засохшей краской) остановить ограбление банка.