Таинственный ниндзя крадет мощный меч, принадлежавший его старому хозяину, чтобы проверить ниндзя-дух Черепашек.

Микеланджело случайно превращает Леонардо, Рафаэля и Донателло в пятилетних детей с помощью “Ревивафира еды” Донателло (машины, которая превращает старую и гнилую еду в свежую), в то время как Сплинтер находится в отключке.

Ирма получает супермагнитные способности и начинает бороться с преступностью.

Она решает помешать плану Крэнга.

Когда ее силы иссякают, Черепашки настигают Крэнга и спасают Ирму.

Действие происходит на Хэллоуин.

Когда Бибоп и Рокстеди случайно ломают один из компьютерных чипов в теле робота Крэнга и пытаются заменить его чипом от портативной игровой системы, он оживает и начинает буйствовать.

В погоне за ним Шреддер сильно падает, в результате чего страдает амнезией.

Тем временем Микеланджело не перестает играть в видеоигру, что очень раздражает остальных Черепах.

В рамках своего последнего плана Крэнг привозит на Землю генерала Траага из Измерения X, чтобы отвлечь Черепашек, а Крэнг пытается обратить лазер в лед и освободить Технодром из его тюрьмы на Северном полюсе.

Тем временем Донателло осваивает новый боевой прием, Ву Вэй, когда один ниндзя бездействием обращает атаку противника против него самого.

После победы над Германом Ужасным и разоблачения двух делегатов-отступников от Черепахоидов на Шелл-Ри-Ла, Черепашки возвращаются на Землю, где им предстоит уничтожить новый Технодром Шреддера Mark II, а затем победить Хром Купол.

После стычки с мутантным дуэтом быка и крота - Сурка и Грязнулей - Черепахи и их новые враги попадают на Шеллри-Ла к инопланетному “черепахоиду” по имени Керма, где наши герои должны помочь защитить его планету от двухголового дракона по имени Герман Ужасный.