Когда Бибоп и Рокстеди случайно ломают один из компьютерных чипов в теле робота Крэнга и пытаются заменить его чипом от портативной игровой системы, он оживает и начинает буйствовать.

В погоне за ним Шреддер сильно падает, в результате чего страдает амнезией.

Тем временем Микеланджело не перестает играть в видеоигру, что очень раздражает остальных Черепах.

В рамках своего последнего плана Крэнг привозит на Землю генерала Траага из Измерения X, чтобы отвлечь Черепашек, а Крэнг пытается обратить лазер в лед и освободить Технодром из его тюрьмы на Северном полюсе.

Тем временем Донателло осваивает новый боевой прием, Ву Вэй, когда один ниндзя бездействием обращает атаку противника против него самого.

После победы над Германом Ужасным и разоблачения двух делегатов-отступников от Черепахоидов на Шелл-Ри-Ла, Черепашки возвращаются на Землю, где им предстоит уничтожить новый Технодром Шреддера Mark II, а затем победить Хром Купол.

После стычки с мутантным дуэтом быка и крота - Сурка и Грязнулей - Черепахи и их новые враги попадают на Шеллри-Ла к инопланетному “черепахоиду” по имени Керма, где наши герои должны помочь защитить его планету от двухголового дракона по имени Герман Ужасный.

Во время посещения египетской выставки Микеланджело принимают за фараона по имени “Амун Турт-Эль”, также известного как “Священная черепаха”.

Полярисоид Фрип возвращается на Землю со своей семьей, чтобы навестить ее, и в итоге вынужден просить Черепашек о помощи, чтобы вернуть свою камеру и помочь им остановить последний план Крэнга по захвату города.

Зак, юный друг Черепашек, после многочисленных ложных сообщений об инопланетянах попадает в военный лагерь, но оказывается, что два настоящих пришельца, Вингнут и Винтлуз, промывают мозги курсантам, чтобы те стали их армией, и для победы над ними нужно позвать Черепашек.