Неисправность последнего изобретения Донателло приводит к тому, что Рафаэль верит в свою смерть и пытается спасти мир в одиночку.

Во время испытания экспериментального Мута-шутера, изобретенного Крэнгом, Шреддер неожиданно превращает Наполеона Бонафрога в мускулистую, чудовищную версию самого себя.

Когда на город обрушивается внезапное нашествие термитов, единственный супергерой, который может помочь - Бугмен - слишком спокоен за себя, чтобы помочь Черепахам победить его.

В результате несчастного случая два мусорщика мутируют в Мукмана и Джо Глазастика.

Выясняется, что слизь Мукмана ослабляет Черепах, и Шреддер уговаривает его работать с ним.

Донателло наворотил черепаший фургон, но во время пробной поездки его угоняет семья деревенщин-грабителей.

Сможет ли Донателло вовремя вернуть фургон, прежде чем его братья узнают об этом?

Курьер случайно попадает в новый нестабильный мутаген Крэнга и обретает способность превращаться в кого угодно.

Шреддер уговаривает его помочь ему запустить Мутаген в космос и мутировать весь мир, но у этого “человека-мутагена” другие идеи.

Странные сны Микеланджело заставляют его искать Мондо Гекко, ящерицу, попавшую в тот же омут, что и Черепахи.

В конце концов Гекко восстает против своего босса, Мистера Икс, и его бомбардировочной кампании.