Сумасшедший профессор по имени Миндбендер создает робота-правоохранителя по имени “Лекс” для борьбы с преступностью в Нью-Йорке, но в итоге Лекс начинает арестовывать множество невинных людей за самые незначительные нарушения.

Поскольку другие Черепахи недосягаемы, Леонардо должен раскрыть свои врожденные способности, чтобы остановить этого робота-изгоя, прежде чем он и Миндбендер объявят себя диктаторами города.

Рафаэль, изучая маскировку, пытается спасти Черепашек, когда его принимают за мафиози по кличке “Бешеный пес МакМатт”.

Используя гипнотический микрофон и динамик, Шреддер захватывает радиостанцию и передает сигнал, который отправляет население Нью-Йорка в измерение под названием “Бездна Крэнга”.

Ботаник-мускулист захватывает троих Черепашек, и неохотно идущий Леонардо вынужден просить Кейси Джонса помочь спасти их.

Бибоп и Рокстеди проваливают очередной эксперимент с мутагеном, в результате чего появляется гигантское ледяное существо, которое Бибоп называет “Фрости”, а Шреддер использует это чудовище, чтобы заморозить Нью-Йорк, отвлекая Черепашек достаточно долго, чтобы он смог украсть термальную взрывчатку, необходимую для того, чтобы растопить Технодром ото льда.

Устав чинить все в логове, Донателло решает клонировать себя, чтобы иметь возможность работать над другими своими изобретениями.

Однако клон Донателло оборачивается против него и присоединяется к Крысиному Королю в попытке завоевать город с нашествием крыс.

Бакстер Стокман возглавляет рой мух в попытке завоевать Нью-Йорк и доказать свою значимость Шреддеру и Крэнгу, чтобы снова стать человеком.