Семейный секрет раскрывается, когда лейтенант токийской столичной полиции Кадзу Саки прибывает из Японии, чтобы арестовать своего брата Ороку Саки, который оказывается главным врагом Черепах.

Шреддер и Крэнг отправляют Технодром из Измерения X на Землю, но Донателло перепрограммирует его так, что он терпит крушение в Арктике.

В последующем эпизоде Хокум Харе и Черепашки отправляются на поезде, путешествующем во времени, в 2036 год, где узнают, что у Шреддера есть планы на будущий Нью-Йорк.

В итоге Черепашки из прошлого и будущего должны объединиться, чтобы помешать Шреддеру, пока его действия не привели к разрушению всего времени.

Черепашки отправляются в Сказочное измерение, чтобы спасти город от Докилизатора Шреддера, а также подружиться с местным жителем этого измерения - зайцем Хокумом (по мотивам персонажа “Черепахи и зайца”).

Помогая Эйприл расследовать сообщение о нападении гигантских монстров на суеверную фермерскую деревню, Леонардо принимают за пришельца с другой планеты.

Одинокая Черепаха должна избежать вымирания и одновременно попытаться спасти Эйприл от безумного ученого.

У солдата по имени Альфа-1 повышается интеллект, но это приводит к восстанию солдат против Шреддера и Крэнга и изгнанию дуэта с Технодрома.

Неудачный эксперимент с мутагеном приводит к нашествию гигантских насекомых и арахнидов на Нью-Йорк.

Пытаясь связаться с Туманностью Черепах, Донателло встречает разумного инопланетянина-ящерицу по имени Алджернон (”Алгае” для краткости), который должен помочь ему и другим Черепахам спасти Эйприл от жадного человека по имени Враждебный Хайрам Грельч.