Донателло получает диплом университета Софо, но обнаруживает, что его приняли за девушку, и просит Ирму замаскироваться под него.

Тем временем настоящий Донателло обнаруживает заговор профессора Фило Софо с целью уничтожения Земли.

Шреддер задумал уничтожить Черепашек, но поскольку портал Технодрома не работает, он не может бросить им вызов на Земле, поэтому он использует телепортатор измерений, чтобы перенести своих врагов в Измерение X.

Микеланджело встречает своего любимого героя комиксов, спасая в канализации ослабленного Брика Брэдли, а затем вместе с Багменом сражается со злым Электрозахватчиком.

Черепашки должны нянчить и защищать от Шреддера и Крэнга молодую богатую девушку по имени Баффи Шеллхаммер, поскольку она знает формулу супертоплива, необходимого для Технодрома.

Микеланджело должен спасти остальных Черепах, когда их захватывает злой ученый.

Бибоп и Рокстеди переодеваются в супергероев, чтобы украсть алмаз, который питает созданный Крэнгом лазер.

Тем временем Черепахи должны справиться с волной гипнотических рабов под командованием Дж. Гордона Голодающего.

Доктор Полидориус, безумный ученый, замышляющий превратить все человечество в водных существ, создает Рэя, который обладает несколькими способностями различных морских видов.

Рэй похищает Эйприл О’Нил, и Полидориус превращает ее в женщину-рыбу, чтобы она стала его спутницей.