Черепашки должны нянчить и защищать от Шреддера и Крэнга молодую богатую девушку по имени Баффи Шеллхаммер, поскольку она знает формулу супертоплива, необходимого для Технодрома.

Микеланджело должен спасти остальных Черепах, когда их захватывает злой ученый.

Бибоп и Рокстеди переодеваются в супергероев, чтобы украсть алмаз, который питает созданный Крэнгом лазер.

Тем временем Черепахи должны справиться с волной гипнотических рабов под командованием Дж. Гордона Голодающего.

Доктор Полидориус, безумный ученый, замышляющий превратить все человечество в водных существ, создает Рэя, который обладает несколькими способностями различных морских видов.

Рэй похищает Эйприл О’Нил, и Полидориус превращает ее в женщину-рыбу, чтобы она стала его спутницей.

Кошмары ниндзя Лотос Блоссом приводят ее к странному артефакту, которым владеют Черепашки.

Артефакт содержит разгневанный дух, любимой жены, который находится глубоко внутри самой Лотос.

Донателло изобретает машину, способную замораживать время, которую похищает сумасшедший профессор в рамках плана по завоеванию мира.

На Землю отправляется инопланетянин по имени “Зипп”, но этот маленький пришелец вскоре превращается в большую проблему.