Когда Микеланджело решает поставить одно из изобретений Донателло на максимальную мощность ради собственного развлечения, это заканчивается - в буквальном смысле - маленькой проблемой.

Эйприл и Вернон попадают под уменьшающий луч во время съемок военного корабля и присоединяются к Микеланджело в его диком приключении.

После многочисленных неудачных попыток своих грызунов найти пищу, Крысиный Король узнает о заброшенной канистре с мутагеном, затерянной в канализации, и забирает ее себе.

Затем он похищает Ирму и Вернона и с помощью мутагена превращает их в своих рабов-мутантов с единственной целью - совершать набеги на продовольственные склады.

Позже выясняется, что мутации нестабильны и могут быть активны, только если Крысиный Король играет на своей гипнотической флейте.

Рафаэль и Микеланджело, недовольные его властным характером, случайно стреляют в Леонардо лучом, изменяющим личность, превращая его в любящего веселье “чувака”, который пренебрегает своими обязанностями.

Донателло, Рафаэль и Микеланджело должны помешать маэстро Г. Клеффу разрушить город.

Бибоп и Рокстеди используют новый мутаген Крэнга на домашней черепахе Бибопа Слэше, чтобы он мог делать за них работу по дому.

Слэш убегает, и раздраженный предприниматель заставляет его подставить Черепашек-ниндзя.

Рафаэль выигрывает место на вечеринке владельца сети ресторанов быстрого питания.

Когда яхту берут в заложники пираты Hi-Tech, он и таинственная женщина-ящерица Мона Лиза вместе пытаются остановить их.

Во время своего последнего путешествия на Землю Бибоп и Рокстеди крадут машину, которая заставляет всех всего бояться.

Рафаэлю приходится сразиться с мафиози по имени Пинки МакФингерс, когда его похищают из местного комедийного клуба.

Это единственный эпизод с участием профессора Барни Стокмана.