Мстительный Бакстер Стокман и компьютер A.I. возвращаются на Землю из безвозвратного измерения и захватывают Черепашек, заманивая в свою ловушку и Шреддера.

Крэнг нанимает многомерного рингмейстера, который собирается сделать Черепашек-ниндзя частью своего цирка, используя сыворотку против старения.

Леонардо и Микеланджело превращаются в 5-летних детей.

Человек-гаджет выходит на пенсию спустя 50 лет, но Шреддер обманом заставляет его сражаться против Черепах.

Черепашки знакомятся с парнем Ирмы - Хоуи, который купил старый оперный театр и хочет превратить его в ночной клуб.

Черепашкам приходится сразиться с “Призраком Флокси”, а также со Шреддером, который планирует вернуть Технодром на Землю.

В последующем эпизоде Хокум Харе и Черепашки отправляются на поезде, путешествующем во времени, в 2036 год, где узнают, что у Шреддера есть планы на будущий Нью-Йорк.

В итоге Черепашки из прошлого и будущего должны объединиться, чтобы помешать Шреддеру, пока его действия не привели к разрушению всего времени.

Черепашки отправляются в Сказочное измерение, чтобы спасти город от Докилизатора Шреддера, а также подружиться с местным жителем этого измерения - зайцем Хокумом (по мотивам персонажа “Черепахи и зайца”).

Компьютер Технодром, замаскированный под электронную клавиатуру, оказывается на Земле, причем в самых неожиданных руках.