В последующем эпизоде Хокум Харе и Черепашки отправляются на поезде, путешествующем во времени, в 2036 год, где узнают, что у Шреддера есть планы на будущий Нью-Йорк.

В итоге Черепашки из прошлого и будущего должны объединиться, чтобы помешать Шреддеру, пока его действия не привели к разрушению всего времени.

Черепашки отправляются в Сказочное измерение, чтобы спасти город от Докилизатора Шреддера, а также подружиться с местным жителем этого измерения - зайцем Хокумом (по мотивам персонажа “Черепахи и зайца”).

Компьютер Технодром, замаскированный под электронную клавиатуру, оказывается на Земле, причем в самых неожиданных руках.

Черепахи должны спасти Землю от масштабной утечки энергии и ее апокалиптического результата, отправившись на другую планету, где черепахи являются доминирующим видом.

В Нью-Йорк прибывает звезда голливудских боевиков, чтобы прорекламировать свой новый фильм.

К сожалению, реальность сильно бьет по Микеланджело, когда он обнаруживает, что его киноидол - не такой уж и кумир.

Тем временем Шреддер и Крэнг крадут вещество, способное оживлять неодушевленные предметы.

Эксцентричный миллиардер Монро Кью Флем, который также является коллекционером, хочет собрать все памятные вещи Черепашек-ниндзя, которые попадут ему в руки, включая Эйприл О’Нил и самих Черепашек.

Когда генерал Трэгг и его войска нападают на столицу планеты Нейтрино, лидеры Нейтрино, король Зентер и королева Гиззла, отправляют через портал на Землю свою младенческую дочь Триббл, попросив Черепашек присмотреть за ней, но Триббл доставляет нашим героям большие неприятности.