Черепахи должны спасти Землю от масштабной утечки энергии и ее апокалиптического результата, отправившись на другую планету, где черепахи являются доминирующим видом.

В Нью-Йорк прибывает звезда голливудских боевиков, чтобы прорекламировать свой новый фильм.

К сожалению, реальность сильно бьет по Микеланджело, когда он обнаруживает, что его киноидол - не такой уж и кумир.

Тем временем Шреддер и Крэнг крадут вещество, способное оживлять неодушевленные предметы.

Эксцентричный миллиардер Монро Кью Флем, который также является коллекционером, хочет собрать все памятные вещи Черепашек-ниндзя, которые попадут ему в руки, включая Эйприл О’Нил и самих Черепашек.

Когда генерал Трэгг и его войска нападают на столицу планеты Нейтрино, лидеры Нейтрино, король Зентер и королева Гиззла, отправляют через портал на Землю свою младенческую дочь Триббл, попросив Черепашек присмотреть за ней, но Триббл доставляет нашим героям большие неприятности.

Крэнг освобождает Мийоко Саки, мать Шреддера, из дома престарелых. Шреддер угрожает правительствам стран мира сдаться Крэнгу, иначе он постепенно повысит температуру планеты, в результате чего Нью-Йорк оказывается в центре мощной тепловой волны.

Черепашкам помогает полковник Йогурт, офицер ВВС, чтобы помешать Шреддеру, которого начинают раздражать успехи его матери.

Черепашкам приходится сражаться с ожившей Терракотовой армией после того, как Шреддер похищает энергетическое устройство в форме гигантской жемчужины, которую держит и охраняет Нефритовый Дракон.

Пытаясь увидеть новые игрушки на ярмарке игрушек, Микеланджело натыкается на заговор с целью захвата известной компании по производству игрушек.