После нескольких неудачных попыток вновь запустить Технодром, Шреддер и Крэнг устраивают последний отвлекающий маневр для Черепашек в Форте Чарльз, в то время как Бибоп и Рокстеди крадут энергетические топливные элементы из соседнего космического исследовательского центра.

Нахальный инопланетный комик из измерения Z (по манерам напоминающий Пи-Ви Германа) сбегает на Землю, чтобы доставить Черепашкам-ниндзя большие неприятности.

Черепашки должны очистить свои имена, когда их считают похитителями драгоценностей, укравшими бесценный изумруд во время магического представления, которое проводил иллюзионист по имени Болдини.

Старший брат Зака, Уолт, крадет редкий мешочек, в котором находится единственная карта к логову Черепашек.

Бибоп и Рокстеди разыгрывают представление, чтобы заставить Черепашек съесть печенье, но не обычное печенье, потому что это печенье может превратить их в людей!

Желая узнать, каково это - быть человеком, Микеланджело съедает печенье и становится им.

Хотя эффект от превращения время от времени ослабевает, он все равно возвращается.

Тем временем Черепахи ищут Микеланджело с противоядием от антимутагена, пока он не уничтожил его, а два головореза Шреддера просят помощи у своей старой банды, чтобы ограбить корабль.

И в это время Эйприл пытается “присоединиться” к банде, чтобы получить статью для Бёрна.

Межпространственный инопланетный космический корабль приводит Бакстера Стокмана к его последнему мстительному замыслу уничтожить Черепашек и Шреддера.

Микеланджело устраивается на работу разносчиком пиццы.

Но кто его новый босс?