Старший брат Зака, Уолт, крадет редкий мешочек, в котором находится единственная карта к логову Черепашек.

Бибоп и Рокстеди разыгрывают представление, чтобы заставить Черепашек съесть печенье, но не обычное печенье, потому что это печенье может превратить их в людей!

Желая узнать, каково это - быть человеком, Микеланджело съедает печенье и становится им.

Хотя эффект от превращения время от времени ослабевает, он все равно возвращается.

Тем временем Черепахи ищут Микеланджело с противоядием от антимутагена, пока он не уничтожил его, а два головореза Шреддера просят помощи у своей старой банды, чтобы ограбить корабль.

И в это время Эйприл пытается “присоединиться” к банде, чтобы получить статью для Бёрна.

Межпространственный инопланетный космический корабль приводит Бакстера Стокмана к его последнему мстительному замыслу уничтожить Черепашек и Шреддера.

Микеланджело устраивается на работу разносчиком пиццы.

Но кто его новый босс?

Кто-то крадет все кимоно в городе.

После кражи любимого кимоно мастера Сплинтера знаменитая тетя Эйприл, детектив, помогает Черепашкам вернуть его.

Кожеголовый прибывает в Нью-Йорк, чтобы отомстить за свое поражение, но сталкивается с Крысиным Королем, который захватывает его и раскрывает свои планы мирового господства.

Два злодея начинают спорить, а затем сражаются друг с другом вместо Черепашек.

Шреддер уговаривает Усаги Йоджимбо сразиться с Черепахами.