Новая лучевая пушка профессора вызывает буйство растений, а его любимец обезьяна Джоко превращается в огромную буйную обезьяну.

Используя ту же лучевую пушку, Донателло увеличивается до размеров Джоко, чтобы сразиться с гигантской обезьяной и спасти от нее Эйприл.

Поскольку Технодрому очень нужно новое оборудование, Бибоп и Рокстеди отправляются на Землю, переодевшись в человеческую форму, чтобы захватить здание Шестого канала и переправить его в Измерение X.

Чтобы отвлечь Черепашек, Рокстеди и Бибоп также запускают робота, дублирующего Мастера Сплинтера, но он выходит из строя и начинает гопничать.

После нескольких неудач, включая запуск ракеты в сторону черепах в сельской местности Южной Дакоты, промахнувшись и взорвав гору Рашмор, Шреддер и Крэнг крадут все электричество Нью-Йорка и заряжают его в гигантские трансмерные врата, предназначенные для отправки Земли в измерение X.

Черепахи должны раз и навсегда победить своих врагов, прежде чем Земля будет уничтожена армией солдат-скал Крэнга.

В конце черепашки отправляют Технодром в Измерение X и становятся героями города.

Технодром снова работает, и Черепашкам предстоит помешать Шреддеру и Крэнгу выбраться на поверхность.

После нескольких неудачных попыток вновь запустить Технодром, Шреддер и Крэнг устраивают последний отвлекающий маневр для Черепашек в Форте Чарльз, в то время как Бибоп и Рокстеди крадут энергетические топливные элементы из соседнего космического исследовательского центра.

Нахальный инопланетный комик из измерения Z (по манерам напоминающий Пи-Ви Германа) сбегает на Землю, чтобы доставить Черепашкам-ниндзя большие неприятности.

Черепашки должны очистить свои имена, когда их считают похитителями драгоценностей, укравшими бесценный изумруд во время магического представления, которое проводил иллюзионист по имени Болдини.